人、狗和猪的DNA不能靠色彩、气味、黏稠度或通常电泳条带直接判断。要分辨未知样本属于人、狗还是猪 ，通常必要先提取DNA ，再使用物种特异性PCR或实时荧光定量PCR检测；若是样本成分复杂或可能混合 ，则进一步对特定片段测序。最实用的判断蹊径是：确认样性质量 ，别离检测人、狗、猪的物种象征 ，最后结合阴性、阳性和内参了局作出结论。
一、先确定样本是否适合检测
取样部位会直接影响了局。血液、口腔拭子、肌肉组织、唾液和带毛囊的毛发 ，通常可能提供较好的核DNA。只有毛干、脱落的皮屑或经过高温、强酸碱处置的资料 ，可能只剩少量或较为破碎的DNA ，适合优先进行线粒体片段检测 ，而不愿定适合个别鉴别。
取样时应使用一次性采样工具 ，并别离密封、编号 ，预防分歧样本之间交叉传染。正式检测前 ，尝试室通常会通过DNA浓度、纯度和片段齐全性判断提取物是否可能进入后续PCR。若没有扩增 ，不能当即认定样本“不属于人、狗或猪” ，也可能是DNA降解、抑造物残留或取样量不及。
二、用物种特异性PCR分辨三类DNA
若是指标只是判断未知样本属于哪一种动物 ，最直接的步骤是设计三组检测系统 ，别离针对人、狗和猪的特异性序列。常见靶区蕴含线粒体12S rRNA、16S rRNA、细胞色素b（cytb）、COI ，以及经过验证的物种特异性核基因片段。每一组引物都应只对指标物种产生不变扩增 ，同时尽量不扩增另表两种DNA。
- 提取总DNA：从样本中提取可能存在的全数DNA ，而不是先假定样正本源。
- 设置人、狗、猪三组反映：未知DNA别离参与三套物种特异性引物系统。前提允许时 ，可选取三沉或多沉PCR ，但单独检测通常更容易排查交叉反映。
- 参与扩增对照：使用已知的人、狗、猪DNA作为阳性对照 ，同时设置无模板阴性对照和样本内参。这样能够分辨“指标物种阴性”和“整次反映失败”。
- 观察扩增了局：通常PCR可通过电泳观察指标大幼的条带；实时PCR则通过荧光曲线和Ct值判断是否产生特异扩增。
例如 ，人象征扩增阳性、狗象征和猪象征均为阴性 ，且内参正常 ，可支持“样本含有人源DNA”的判断。若猪象征阳性而人、狗象征阴性 ，则支持猪源。若人和猪两个象征同时阳性 ，则不能单一归为某一个物种 ，需思考混合样本、交叉传染或引物非特异扩增 ，并进行复核。
三、若何看懂PCR和电泳了局
| 检测了局 | 通常注明 | 下一步 |
|---|---|---|
| 只有人象征阳性 ，内参正常 | 支持含有人源DNA | 必要个别鉴别时再做人体STR检测 |
| 只有狗象征阳性 ，内参正常 | 支持含有犬源DNA | 必要进一步确认种类或个别时进行犬源象征分析 |
| 只有猪象征阳性 ，内参正常 | 支持含有猪源DNA | 必要时用测序确认扩增片段 |
| 两种或三种象征同时阳性 | 可能是混合DNA、传染或非特异扩增 | 沉新提取、单独PCR并测序复核 |
| 所有象征阴性 ，内参也阴性 | DNA量不及、降解或反映受抑造 | 沉新取样或优化提取流程 |
通常琼脂糖凝胶只能显示是否存在某个大幼的DNA片段 ，不能仅凭条带地位证明物种身份。即便条带大幼切合预期 ，也应结合阳性对照、阴性对照和引物特异性判断。实时PCR中的Ct值能够反映相对扩增情况 ，但Ct值自身不是物种名称 ，仍需看对应的检测系统是否经过验证。
四、必要更靠得住确认时进行测序
当样本量少、起源不明、出现多条带 ，或者人、狗、猪象征同时出现阳性时 ，能够回收指标条带并进行Sanger测序 ，再将所得序列与经过审核的物种数据库进行比对。若序列与猪的线粒体或核基因参考序列高度一致 ，而与人、狗序列存在明确差距 ，就能为猪源判断提供更直接的证据。
测序出格适合解决“PCR有条带但无法确定是否为特异条带”的问题。不外 ，线粒体片段通常适合物种判断 ，不适合直接证明某个具体个别。若要进行人体个别鉴别 ，应检测人STR位点；若要进行犬只个别鉴别 ，则应选取合用于犬的STR或SNP象征。物种鉴定和个别鉴定是两个分歧层级的了局 ，不能混为一谈。
五、混合样本应选取分层判断
若是统一样本中同时含有人、狗和猪的DNA ，单一PCR了局只能注明某个物种的遗传物质存在 ，不能注明各自所占比例 ，也不能据此判断样正本自哪个主体。此时可吓酌三套物种特异性qPCR别离确认物种 ，再凭据检测主张选择混合DNA分析、扩增子测序或更高通量测序。
若检测的是食品、组织或环境残留 ，通常做到“是否含有人、狗或猪源DNA”即可；若涉及起源追踪、亲缘关系或司法用处 ，则必要保留原始样本、检测纪录和对照了局 ，并由具备相应资质的尝试室实现复核。最轻便的实用规划是：先做内参确认DNA有效 ，再别离进行人、狗、猪特异性PCR ，出现阳性沉叠时用独立靶标或测序确认。
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