人、狗和猪的DNA不能靠色彩、气味、黏稠度或通常电泳条带直接判断。要分辨未知样本属于人、狗还是猪 ，通常必要先提取DNA ，再使用物种特异性PCR或实时荧光定量PCR检测 ；若是样本成分复杂或可能混合 ，则进一步对特定片段测序。最实用的判断蹊径是：确认样性质量 ，别离检测人、狗、猪的物种象征 ，最后结合阴性、阳性和内参了局作出结论。
一、先确定样本是否适合检测
取样部位会直接影响了局。血液、口腔拭子、肌肉组织、唾液和带毛囊的毛发 ，通常可能提供较好的核DNA。只有毛干、脱落的皮屑或经过高温、强酸碱处置的资料 ，可能只剩少量或较为破碎的DNA ，适合优先进行线粒体片段检测 ，而不愿定适合个别鉴别。
取样时应使用一次性采样工具 ，并别离密封、编号 ，预防分歧样本之间交叉传染。正式检测前 ，尝试室通常会通过DNA浓度、纯度和片段齐全性判断提取物是否可能进入后续PCR。若没有扩增 ，不能当即认定样本“不属于人、狗或猪” ，也可能是DNA降解、抑造物残留或取样量不及。
二、用物种特异性PCR分辨三类DNA
若是指标只是判断未知样本属于哪一种动物 ，最直接的步骤是设计三组检测系统 ，别离针对人、狗和猪的特异性序列。常见靶区蕴含线粒体12S rRNA、16S rRNA、细胞色素b（cytb）、COI ，以及经过验证的物种特异性核基因片段。每一组引物都应只对指标物种产生不变扩增 ，同时尽量不扩增另表两种DNA。
- 提取总DNA：从样本中提取可能存在的全数DNA ，而不是先假定样正本源。
- 设置人、狗、猪三组反映：未知DNA别离参与三套物种特异性引物系统。前提允许时 ，可选取三沉或多沉PCR ，但单独检测通常更容易排查交叉反映。
- 参与扩增对照：使用已知的人、狗、猪DNA作为阳性对照 ，同时设置无模板阴性对照和样本内参。这样能够分辨“指标物种阴性”和“整次反映失败”。
- 观察扩增了局：通常PCR可通过电泳观察指标大幼的条带 ；实时PCR则通过荧光曲线和Ct值判断是否产生特异扩增。
例如 ，人象征扩增阳性、狗象征和猪象征均为阴性 ，且内参正常 ，可支持“样本含有人源DNA”的判断。若猪象征阳性而人、狗象征阴性 ，则支持猪源。若人和猪两个象征同时阳性 ，则不能单一归为某一个物种 ，需思考混合样本、交叉传染或引物非特异扩增 ，并进行复核。
三、若何看懂PCR和电泳了局
| 检测了局 | 通常注明 | 下一步 |
|---|---|---|
| 只有人象征阳性 ，内参正常 | 支持含有人源DNA | 必要个别鉴别时再做人体STR检测 |
| 只有狗象征阳性 ，内参正常 | 支持含有犬源DNA | 必要进一步确认种类或个别时进行犬源象征分析 |
| 只有猪象征阳性 ，内参正常 | 支持含有猪源DNA | 必要时用测序确认扩增片段 |
| 两种或三种象征同时阳性 | 可能是混合DNA、传染或非特异扩增 | 沉新提取、单独PCR并测序复核 |
| 所有象征阴性 ，内参也阴性 | DNA量不及、降解或反映受抑造 | 沉新取样或优化提取流程 |
通常琼脂糖凝胶只能显示是否存在某个大幼的DNA片段 ，不能仅凭条带地位证明物种身份。即便条带大幼切合预期 ，也应结合阳性对照、阴性对照和引物特异性判断。实时PCR中的Ct值能够反映相对扩增情况 ，但Ct值自身不是物种名称 ，仍需看对应的检测系统是否经过验证。
四、必要更靠得住确认时进行测序
当样本量少、起源不明、出现多条带 ，或者人、狗、猪象征同时出现阳性时 ，能够回收指标条带并进行Sanger测序 ，再将所得序列与经过审核的物种数据库进行比对。若序列与猪的线粒体或核基因参考序列高度一致 ，而与人、狗序列存在明确差距 ，就能为猪源判断提供更直接的证据。
测序出格适合解决“PCR有条带但无法确定是否为特异条带”的问题。不外 ，线粒体片段通常适合物种判断 ，不适合直接证明某个具体个别。若要进行人体个别鉴别 ，应检测人STR位点 ；若要进行犬只个别鉴别 ，则应选取合用于犬的STR或SNP象征。物种鉴定和个别鉴定是两个分歧层级的了局 ，不能混为一谈。
五、混合样本应选取分层判断
若是统一样本中同时含有人、狗和猪的DNA ，单一PCR了局只能注明某个物种的遗传物质存在 ，不能注明各自所占比例 ，也不能据此判断样正本自哪个主体。此时可吓酌三套物种特异性qPCR别离确认物种 ，再凭据检测主张选择混合DNA分析、扩增子测序或更高通量测序。
若检测的是食品、组织或环境残留 ，通常做到“是否含有人、狗或猪源DNA”即可 ；若涉及起源追踪、亲缘关系或司法用处 ，则必要保留原始样本、检测纪录和对照了局 ，并由具备相应资质的尝试室实现复核。最轻便的实用规划是：先做内参确认DNA有效 ，再别离进行人、狗、猪特异性PCR ，出现阳性沉叠时用独立靶标或测序确认。
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